Uygulanan cerrahi operasyon tipine göre değişmekle beraber bir dizi işlem yapılmaktadır. Diş eti cerrahisi işlemleri genellikle 30 dakika ile 90 dakika arasında bir zaman almaktadır.
Periodontal cerrahi işlemler genellikle lokal anestezi altında rahatlıkla gerçekleştirilebilmektedir. Bazı durumlarda sedasyon ya da genel anestezi ile de bu operasyonlar yapılabilirler. Fakat bu karar diş eti uzmanı tarafından hasta ile beraber verilir.
Operasyon esnasında cerrahiyi gerçekleştiren diş eti uzmanı, hasta örtüsü, ışık kaynağı kolu örtüsü de dahil olmak üzere tamamen steril ekipmanlar kullanır. Sterilizasyon, olası enfeksiyon riskini minimuma düşürmek için çok önemli olduğu için örtü, tükürük emici, tampon gibi malzemeler tek kullanımlıktır ve operasyon bitimini takiben tıbbi atık çöpüne atılırlar. Küçük insizyonlar atılarak diş eti, dişlerin çevresinden uzaklaştırılır. Böylece diş eti uzmanı, kök yüzeylerini daha iyi görür ve bu alandaki taşları, artıkları, plakları ya da enfeksiyonu rahatlıkla alandan uzaklaştırabilir.
Cerrahi alanın temizlenmesini takiben diş eti uzmanı diş etinin şekillendirilmesi, kemik rejenerasyonu işlemleri ya da planlanan diğer işlemleri yapabilir.
Eğer yapılacak işlem diş eti grefti operasyonu ise yeni diş eti dokusu için hazırlanan bölge dışında verici bölgede de insizyon atılır ve hazırlanan alan kadar uygun doku elde edilerek alıcı bölgeye transfer edilir.
Planlanan cerrahi operasyonun bitimini takiben diş eti uzmanı, diş eti dokusunu yeniden yerine dikerek cerrahi alanı kapatır. Bu dikişler kendiliğinden düşen dikişler olabildiği gibi işlem sonrası diş eti uzmanının belirlediği süre sonunda alınması gereken dikişler de olabilmektedir. Alınması gereken dikişler var ise bekleme süresi genellikle 7-10 gün arasındadır.